实验室于2003年批准建设，2006年通过教育部验收，2009年通过教育部组织的评估，评为良好实验室。实验室主任为王超院士，学术委员会主任为张建云院士。

实验室瞄准现代湖泊科学的国际前沿，针对国家浅水湖泊治理的重大需求，围绕浅水湖泊水动力过程与生态环境演变规律、湖泊及相关流域的水环境保护与生态修复、水灾害形成机理及防灾减灾、自然资源可持续开发与利用等研究方向，立足于应用基础研究和高新技术开发相结合，以揭示人类活动对浅水湖泊生态环境变化的作用机制和浅水湖泊水灾害形成机理为主线，重点解决浅水湖泊综合治理和资源开发的理论方法与关键技术。

　　实验室在解决我国浅水湖泊重大科技问题和工程技术中发挥了重要的作用，成为国内浅水湖泊综合治理与资源开发方面的高水平科学研究平台、技术开发中心与人才培养基地。

　　实验室现有研究人员50余人。近五年来承担科研经费约1.1亿元，作为首席主持国家“973计划”项目1项，主持国家“973计划”项目课题3项和子课题3项、国家水体污染控制与治理科技重大专项课题1项和子课题15项、国家“863计划”课题2项和子课题1项、国家自然科学基金重点项目2项和面上（青年）项目23项，部省级基金、公益性项目和科技创新项目等36项。获国家科技进步二等奖1项，部省级科技奖励15项；申请国家发明专利150余项，授权47项；发表核心期刊论文350余篇，其中“三大检索”论文250余篇；出版专著、教材和标准8部；科研成果转化项目数112项。